西瓜不能连续种植的最重要原因是极易发生西瓜枯萎病，俗称“死秧病”，一直是西瓜生长的痼疾，是西瓜生产上危害最严重的病害之一。该病属土传病害，病菌在土壤中可长期存活，防治十分困难，西瓜枯萎病重茬地一般发病率在30%以上，严重地块达80%以上，甚至造成绝产。西瓜枯萎病扩展迅速，发病后如控制不及时，几天或十几天便可蔓延全田。
多年连作极易导致枯萎病菌、蔓枯病菌等土传病害病原真菌在土壤中的大量积累，造成西瓜移栽后生长期内病害严重发生。这是因为西瓜在一块地里连续种植会产生一种疾病，叫做黄枯萎病。在没有生长成熟西瓜苗就开始枯萎，一旦发病就会颗粒无收。连作不仅会加重病虫害，还会导致土壤养份失调，不能满足植物生长需要。
西瓜在同一块地上连续种植会烂根的解决办法：可采用大棚西瓜—水稻轮作高效生产模式，利用“水旱轮作、减轻病害、节约成本、提高效益”的原理。由于耕作和施肥的关系，耕作层质地疏松，有利于土壤熟化。同时，因为水的沤制，消除了大棚西瓜的连作障碍，减轻了大棚西瓜病害发生。
重茬的危害包括：1、病虫害严重(病原菌和虫卵积累)；2、土壤肥力不平衡。西瓜土传病害枯萎病，病原菌主要在土壤中越冬，可在土壤中存活10年以上，连作易发病。此外，连作导致土壤中某些营养元素的贫乏和植株根系分泌物和残留物的积累，产生毒害，影响植株的生长。
