发病初期进行药剂防治，可用70%甲基托布津可湿性粉剂600倍液，或40%多硫悬浮剂400倍液，或25%培福朗水剂800倍液，或50%敌菌灵可湿性粉剂500倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1200倍液，或80%大生可湿性粉剂800倍液喷雾，7～10天防治1次，视病情防治2～3次。病害严重时可用上述药剂加倍后涂抹病茎。
西瓜蔓枯病的防治方法主要以农业防治和化学防治为主。首先合理轮作，选用抗病品种，加强栽培管理。其次对种子和苗床进行处理。最后结合化学药剂进行防治。选择抗病品种是控制该病发生和蔓延的最有效的途径。
与大田作物(禾本科等作物较好)或非瓜类蔬菜作物实行3～5年轮作可减轻蔓枯病的发生。由于高温高湿、种植过密易发病，因此应选地势高、排水好、肥沃的沙质壤土地块种植，实行垄作栽培。及时修剪植株，保证通风透光良好。施足基肥，氮、磷、钾肥配合施用。及时排除田间积水，创造不利于病害发生的环境条件。植株发病后及时清理病株，收获后彻底清理田同植株残体及杂草，并集中深埋销毁，加强田园卫生，从而减少田间及越冬病原菌。
蔓枯病多在西瓜、甜瓜伸蔓后发生，当遇到降雨、连阴雨天气或田间浇水时，可用以下药剂进行防治：40%苯甲·吡唑酯悬浮剂20～25毫升/亩，或60%吡唑·代森联水分散粒剂60-100克/亩，325克/升苯甲·嘧菌酯悬浮剂40-50毫升/亩等药剂兑水30～50公斤均匀喷雾，可有效控制蔓枯病的蔓延。发病后期，茎蔓上病斑可用325克/升苯甲·嘧菌酯悬浮剂50倍加面粉配成糊剂，用牙刷或毛笔进行涂抹病斑，也可有效控制病斑继续扩大，预防植株枯死。
