病株各部位的组织均可带菌,叶柄、叶脉、叶肉带菌率分别为20%、13.3%及6.6%,病叶作为病残体存在于土壤中是该病传播重要菌源。棉籽带菌率很低,却是远距离传播重要途径。病菌在土壤中直接侵染根系,穿过皮层细胞进入导管并在其中繁殖,产生的分生孢子及菌丝体堵塞导管,此外病菌产生的轮枝毒素也是致病重要因子,毒素是一种酸性糖蛋白,具有很强的致萎作用。适宜发病温度为25~28℃,高于30℃、低于22℃发病缓慢,高于35℃出现隐症。在6月份,棉苗4、5片真叶时开始发病,田间出现零星病株;现蕾期进入发病适宜阶段,病情迅速发展;在七八月份,花铃期达到高峰。在温度适宜范围内,湿度、雨日、雨量是决定该病消长的重要因素。地温高、日照时数多、雨日天数少发病轻,反之则发病重。在田间温度适宜,雨水多且均匀,月降雨量大于100mm,雨日12天左右,相对湿度80%以上发病重。连作棉田、施用未腐熟的带菌有机肥及缺少磷、钾肥的棉田易发病,大水漫灌常造成病区扩大。