番茄灰霉病可危害番茄的叶片、果实、茎秆和花器。花器发病,多从残留的败花和柱头发病,造成花腐;果实发病,一般多从残留在果实蒂部的花瓣发病,逐渐向果实蒂部扩展,幼果发病后,在适宜的环境条件下,病斑可快速扩展至整个果实,湿度较大时,病斑上长出大量灰色的霉,造成整个果实失去食用价值;叶片发病多从叶尖开始,向内呈“V”字形扩展,病斑初呈水渍状,边缘不规则,后呈浅褐色至黄褐色,具深浅相间的轮纹。植株地上部分均可受害,以果实和叶片为主。幼苗染病,子叶先端发黄,叶片呈水溃状腐烂;幼茎受害初为水渍状溢缩,继变成褐色病斑,常折断。果实发病多从残留的败花和柱头部先被侵染,造成花腐,后向果面和果柄扩展,一般近果蒂、果柄或果脐处先显症。幼果则全果软腐,果实成熟前病部果皮呈灰白色,水渍状软腐,很快发展成不规则形大斑,果实失水后僵化或湿润软腐。病果一般不脱落,发病后相互接触感染、扩大蔓延,严重时,导致整穗果实全部腐烂。茎较少受害,损伤处染病后开始呈水渍状,后扩展为长椭圆形或长条形斑。当病斑环绕茎部时,其上端枝叶萎蔫枯死。潮湿时在受害果、叶、茎的病部密生灰褐色霉层。渐渐在灰霉中散生大小不同的黑色菌核。茎染病时开始呈水浸状小点,后扩展为长圆形或不规则形,浅褐色,湿度大时病斑表面生有灰色霉层,严重时致病部以上茎叶枯死导致枯萎病。果实染病,残留的柱头或花瓣多先被侵染,后向果实或果柄扩展,致使果皮呈灰白色,并生有厚厚的灰色霉层,呈水腐状。