长期的慢性小肠球虫、产气荚膜梭菌、霉菌毒素等导致肠道病持续存在,肠道消化吸收功能低下,钙质吸收不足。输卵管的子宫部受到病毒和细菌的破坏,导致子宫部壳腺分泌钙质不足,直接影响蛋壳的正常形成。日粮中钙量长期不足,血钙浓度过低,骨骼中的钙也无法调用,导致碳酸钙不能沉积而形成软壳蛋。蛋在输卵管子宫部中停留时间严重不足,如产蛋鸡因急性应激反应,导致鸡蛋快速通过子宫部,未能形成蛋壳而排出体外。产蛋鸡内服金霉素等药物,与血钙结合形成难溶性钙盐排出体外,导致钙源不足影响蛋壳形成。蛋壳的主要成分是碳酸钙,母鸡食物中需含有大量钙质,若缺乏钙质或维生素D,或因注射鸡瘟疫苗后的反应、鸡受惊后输卵管蠕动加强,卵壳来不及形成就产出,可能导致软壳蛋。