结合以往辣椒种植的过程之中，病毒与疫病是辣椒最为常见的疾病。病毒是辣椒在栽培阶段常见的问题，根据其特性可被划分为花叶型、黄化型与畸形型三种。通常情况下，农户采用农药喷洒的方式进行防治，有效降低了病害发生的几率，保护了农作物并最大程度上减少了不必要的损失。相较于病毒病，疫病主要会对辣椒的叶片、果实造成负面影响，尤其是在茎基的位置，发病几率往往更高。为了做好疫病的防治工作，农户需要做好深翻改土与轮作的操作，并适度喷洒调理剂。在常见的氨肥使用过程中，要切实根据土壤的结构做出调整，保证土地的保水性能，契合辣椒种植的需求。
辣椒病害主要是湿度大造成的，应该控制好水肥、温度、湿度、通风透气、日照等，及时喷施药液防治蚜虫、蓟马、红蜘蛛等及白粉病、叶斑病、晚疫病、炭疽病、病毒病、灰霉病、根腐病、菌核病等，严重时应封园熏蒸整片植株。辣椒有青枯病、疫病、炭疽病、病毒病和棉铃虫、蚜虫、地老虎等。根据真菌性、细菌性病害及虫害，选择相应的药剂进行防治。在雨水季节要预防洪涝灾害，保持大田沟渠畅通；干旱时注意及时补水（下午4点过后进行）；同时做好辣椒病虫害防控工作。
