小麦叶枯病菌在春麦区以分生孢子器及菌丝体在小麦病残体上越夏、越冬,到第二年春天,当环境条件适宜时,分生孢子器吸水后释放分生孢子,借风、雨传播引起初侵染。冬麦区,病菌在小麦病残体或种子上越夏,秋季侵入麦苗,以菌丝体在病株上越冬。病株上产生的分生孢子可借风、雨传播,进行再次侵染。禾本科杂草寄主可能是病菌的重要越夏场所。在新西兰、澳大利亚和英国等国家,子囊孢子可借风、雨传播,侵染早期麦苗,成为重要的初染源,其对产量的影响比分生孢子后期侵染植株上部叶片的作用更大。分生孢子和子囊孢子的芽管可直接或通过气孔侵入小麦。