病菌以菌丝或菌核在土壤和病残体上越冬或越夏，播种后开始侵染为害。在田间发病过程可分5个阶段：冬前发病期、越冬期、横向扩展期、严重度增长期及枯白穗发生期。冬前发病期小麦发芽后，接触土壤的叶鞘被纹枯菌侵染，症状发生在土表处或略高于土面处，严重时病株率可达50%左右。越冬期外层病叶枯死后，病株率和病情指数降低，部分季前病株带菌越冬，成为翌春早期发病重要侵染源。横向扩展期指春季2月中下旬至4月上旬，气温升高，病菌在麦株间传播扩展，病株率迅速增加，此时病情指数多为1或2。严重度增长期4月上旬至5月上中旬，随植株基部节间伸长与病原菌扩展，侵染茎秆，病情指数猛增，这时茎秆和节腔里病斑迅速扩大，分蘖枯死，病情指数升级。
小麦纹枯病的传播途径有农事操作传播、雨水传播、昆虫传播、病残体传播、土传病病源传播、空气传播。主要传播途径是土壤和种子。病原菌主要以菌核、菌丝体在土壤中或病残体中越冬，作为第二年的初侵染源；带有病残体和病土的未腐熟的有机肥也可以传病。此外，农事操作也可传播。
纹枯病属于土传性病害，在小麦各生育期均有发生。1、烂芽：在小麦出苗期芽鞘变褐，然后麦芽枯死腐烂，不能出土。2、病苗死苗：多发生在小麦3~4叶期，初期叶鞘上呈现中央灰白、边缘褐色的云纹病斑，后因抽不出新叶而导致死苗。3、花秆烂茎：返青拔节后，基部叶鞘产生中部灰白色、边缘浅褐色的病斑，多个病斑相连接，形成云纹状的花秆。湿度大时，病叶鞘内侧及茎秆上可见蛛丝状白色的菌丝体，以及黄褐色的菌核。
