在土中或混在种子中越冬或越夏。菌核抗逆力很强,温度18-22℃,有光照及足够湿度的条件下,借风雨传播。菌核也可随种苗或病残体进行传播蔓延。湿度是子囊孢子萌发和菌丝生长的限制因子,相对湿度高于85%子囊孢子方可萌发,也利于菌丝生长发育。因此,此病在早春或晚秋保护地容易发生和流行。病菌喜低温、高湿环境,发病最适宜气候条件为温度15~20℃,相对湿度85%以上。浙江及长江中下游地区露地栽培韭菜菌核病的主要发病盛期3~4月。韭菜菌核病的感病生育期在成株。年度间通常雨水频繁的年份或季节易发病重。在寒冷地区,主要以菌丝体和菌核随病残体遗落在土中越冬。翌年条件适宜时,菌核萌发产生子囊盘,子囊放射出子囊孢子进行初侵染,借气流传播蔓延或病部菌丝与健株接触后侵染发病。在南方温暖地区,主要以菌丝体和小菌核越冬。翌年小菌核萌发伸出菌丝或患部菌丝通过接触侵染扩展。地势低洼、土壤粘重、积水严重、雨后受涝、偏施氮肥、过度密植的田块发病重。