幼苗出土后即可受害，而以中后期发病为多。发病初期在幼苗茎基部产生椭圆形暗褐色病斑，叶片中午萎蔫，早晚恢复，病斑逐渐凹陷，并绕茎一周，使茎基萎缩、细缢、干枯。幼茎或茎基部产生椭圆形暗褐色病斑，病部收缩细缢，茎叶萎垂枯死；稍大秧苗白天萎蔫，夜间恢复，当病斑绕茎一周时，秧苗逐渐枯死，但不呈猝倒状。除危害辣椒外，还危害番茄、茄子、马铃薯、黄瓜、菜豆、白菜、甘蓝、莴苣、洋葱和筒蒿等。
辣椒立枯病的最大特点是植株枯死不倒，病部有同心轮纹及淡褐色蛛网状菌丝。辣椒立枯病俗称死苗、霉根，是由立枯丝核菌侵染所引起的、发生在辣椒上的病害。辣椒立枯病是辣椒苗期常见病害。多发生于育苗的中后期，严重时可成片死苗。幼苗多在中后期染病，染病幼苗多在近地面处出现暗褐色不规则或椭圆形病斑，初晴天气中午似缺水状萎蔫，但晚间和清晨恢复。病斑向四周扩展，并逐渐凹陷，最后环绕茎基、表层，变为褐色，最终腐烂，植株干枯死亡，但仍然直立不倒伏。
刚出土的幼苗及大苗均可发病。病苗茎基变褐，后病部缢缩，稍大苗白天萎蔫，夜间恢复，当病斑绕茎1周后幼苗多直立凋枯死亡。病部初为椭圆形暗褐色斑，有同心轮纹，当湿度大时可见到淡褐色蛛丝状霉，出现淡褐色蛛丝状霉和直立死亡是本病与猝倒病重要的区别点。
