常见的蒜类病虫害有紫斑病、软腐病、叶枯病、灰霉病等。其中，大蒜疫病发病多，伤害叶片、叶柄，发病后出现浸水状淡黄色不规则病斑，环境湿度严重时病斑腐烂，隐藏白霉物质，该病传播速度快，环境湿度越大，传播越快，伤害越大。大蒜菌核病为害特征是发病部位在膜下大蒜假茎基部，初期病斑水渍状，以后变暗成灰白色，溃疡腐烂，腐烂部位发出强烈的蒜臭味。病害包括叶枯病、紫斑病、锈病、病毒病、细菌性软腐病、大蒜菌核病、疫霉根腐病、疫病等。虫害有蒜蛆、韭菜迟眼蕈蚊(韭蛆)、蓟马等。
防治方法包括：预防措施：注意施肥，避免陡长；选用高畦栽种，挖好排污沟，避免存水提升田里环境湿度；对上茬农作物要完全，防止偏施基肥，追施磷钾肥；有效栽种相对密度并立即培土锄草，提升田里渗透性。紫斑病：发病时会出现凹陷白色小斑点，中央微紫色，可喷洒75%百菌清可湿性粉剂500-600倍液防治。软腐病：叶缘或中脉会形成黄白色条斑，可用72%农用链霉素3000-4000倍液防治。叶枯病：发病时会生出黑色霉状物，可用75%的百菌清或65%的代森锌500倍液防治。大蒜疫病：发病多，伤害叶片、叶柄，出现浸水状淡黄色不规则病斑，环境湿度严重病斑腐烂，隐藏白霉物质。预防方法是注意施肥和栽培方式。大蒜白腐病：春天刚开始发病，伤害叶片、叶柄、球茎，受病虫害浸染主茎，变黄的叶子危害了主茎的正常生长发育，最终变黄死亡。球茎生病出现白霉状物质腐烂。预防方法是使用三唑酮、甲基托布津等药物进行预防治疗。大蒜灰霉病：主要危害花序和果实，花序受害后，花瓣萎蔫下垂，花序呈褐色干枯；果实受害后，果皮上产生灰褐色至黑褐色凹陷斑点，果实腐烂。
