选择嫁接砧木时，需综合考虑砧木与接穗的亲和性、抗病抗逆能力以及对蔬菜品质的影响。砧木与接穗的亲缘关系越近，亲和力越强，通常应选择具有高嫁接亲和力和共生亲和力的砧木。此外，需根据病害情况和地块发病程度选择砧木：重茬重病地块应选用高抗砧木，而发病轻的非重茬地块则可选用一般砧木。不同砧木在耐低温、耐高温、耐湿、耐盐等特性上存在差异，嫁接后果实品质也不同，因此应根据栽培季节、栽培形式及农产品需求选择适宜的砧木。
例如，西瓜、甜瓜等对果实品质要求较高的作物，应特别注意砧木对品质的影响。以南瓜为砧木嫁接西瓜，可能导致果皮增厚、果肉变硬、产生黄带及风味品质下降，而选用野生抗病西瓜作砧木，则品质较好。
