菠萝的病害主要有：凋萎病、黑腐病、苗心腐病、根线虫病、黑心病、炭疽病、叶斑病、根腐病、日灼病等。菠萝虫害主要有：蟋蟀、蛴螬、独角仙、菠萝洁粉蚧、菠萝长叶螨、粉介、蛾摔、犀甲等。
黑腐病是一种真菌引起的病害，病菌孢子早土壤或残株上越冬，发作危害果实，主要发生在熟果上，尤其在储运阶段。发病时通常外部特征不明显，果实出现水渍状的病斑，随病情扩散至暗褐色的无规则大病斑，直至整个果实。将果实切开，会发现果实内部边缘出现水渍状软腐，而中心部位为黑褐色，病重是内部组织腐烂发黑。防治方法：在果实成熟后，采收要注意时间和方法，不要在雨天打顶及采收，以免病菌侵入；采收时要轻拿轻放，采收后要防止暴晒，采收工具要消毒，或者在果实裂缝处滴消毒液。
防治包括农业防治(选择耐病品种、种植中或晚熟品种、茬口轮作、清洁田园、加强田间管理)和化学防治(在发病初期开始喷药，每隔7-10天喷1次，连续喷1-2次)。
