平菇生产过程中常见的病虫害有病毒病、木霉、曲霉、褐斑病、锈斑病、腐烂病、螨类、菇蚊、菇蝇等。锈斑病由假单胞杆菌或菌生轮枝霉引起,表现为菇盖出现点状黄色或黑色斑点,针头大小,如铁锈一样,严重时斑点连成一片,后期部分黄色斑点变为黑色,严重影响外观。该病由高温高湿、通风不良引发。轮枝霉存活于土壤和空气中,适宜生长温度为20℃左右,低于10℃活力较弱,可通过空气、水流、虫体及人员活动传播。有些人将锈斑病归为黄菇病,但两者发病机理略有不同,治疗需区分。可用甲醛稀释液喷洒菇棚空间治疗,用甲基托布津进行整体消毒预防,保清加必洁仕交替用药效果良好。治疗后需加大通风,减少喷水量。