选用耐病品种，根据生产实践选择抗耐病品种。种子消毒可采用50度温水恒温浸种30分钟，晾干后播种，或用50%福美双可湿性粉剂600倍液浸种50分钟，清水冲洗干净或晾干直接播种。高温季节育苗要遮阴，防暴雨，培育壮苗。
芹菜斑枯病的防治方法包括：选择抗病品种，种子消毒，高温季节育苗要遮阴，防暴雨，培育壮苗。实行两年以上轮作，合理密植，及时间苗、锄草，注意通风透光、降低田间湿度，严禁大水漫灌；多施有机肥，及时追肥、浇水，以促进植株健壮生长，增强植株抗病力。收获后马上清除病残体，集中烧毁或深埋。药剂可选用75%百菌清可湿性粉剂600—800倍液，或65%代森锌可湿性粉剂500倍液；或50%多菌灵500倍液。
芹菜斑枯病防治措施：选择优良种子，最好选用2年的无菌陈种，如使用新种子，浸种前将种子放在48～49℃温水中浸泡30分钟，边浸泡边搅拌，使种子受热均匀，然后捞出再放到凉水中浸泡。降低湿度，日光温室内种植芹菜时，由于芹菜种植密度大，一般不铺地膜，导致浇水后温室室内湿度大，加上冬季低温，水分不易蒸发，高湿，低温导致发病。浇水前后，注意先喷施农药进行预防。及早预防，温室内零星发病后，要及时发现并预防。通过加温、降湿来创造干燥的温室内环境，争取空气干燥、根系湿润。化学防治，大棚和温室内育苗的，在出苗十几天后，用45%百菌清烟雾剂或5%百菌清粉尘剂防治。可以使用苯醚甲环唑、氟菌戊唑醇、咪鲜胺、多菌灵、百菌清等进行防治，喷药要均匀。及时采收，芹菜成熟后，要及时采收。芹菜建议单株定植，一次性采收。
