番茄病虫害防治需注意蚜虫、白粉虱和病毒病的预防，建议悬挂黄板、蓝板诱杀成虫，并及早覆盖防虫网。对于根腐病、根结线虫等土传重茬病害，可在根部使用多菌灵或甲基托布津、恶霉灵+“海状元”褐藻大咖进行浇灌，恢复根系活力。移栽前配合定根水每亩冲施“海状元”双藻菌露800g，对防治番茄根部病害效果显著。
番茄灰霉病主要危害花器和果实，也侵染叶片和茎。果实染病后，病斑圆形或近圆形，呈水渍状，暗绿色至灰白色，易变软腐烂，密生灰绿色霉层，病斑扩大至果实的1/3～1/2时易脱落至全果腐烂，失水干缩成僵果。叶片染病从叶尖开始，形成V形水渍状、浅褐色病斑。茎上病斑长椭圆形或长条形，潮湿时病部生有霉层，严重时可导致枝叶枯死。幼叶受害易造成“龙头”枯萎，进一步发展为全株枯死，病部出现灰色霉层。幼果发病多发生在花蒂部，初为水渍状软腐，后变为黄褐色并腐烂、脱落，受害部位表面均密生灰色霉层。
