农业防治方面，晴天上午及时通风，尤其是大水垄沟灌水的日光温室，灌水后第2～3天，早晨揭帘后打开放风口放风15分钟，再封闭放风口。当日光温室内温度升至30℃，再徐徐打开放风口放风。31℃以上高温可降低病菌孢子的萌发速度，减轻病害的发生。白天日光温室内温度保持20～25℃，当下午温度降至20℃时关闭通风口。夜间温度保持在15～17℃。阴天根据气候及栽培环境要适当放风降湿。
栽培防病方面，提倡小高畦地膜覆盖栽培，推行滴灌技术，降低湿度减少病情。浇水应在晴天上午进行，防止过量。发病初期适当节制浇水。浇水后注意放风排湿。发病后及时摘除病果、病叶并加以妥善处理，防止病菌飞散传播。果实采收后和在幼苗定植前彻底清除病残体，清洁田园减少病菌侵染。
物理防治方面，利用夏秋季节高温，密闭日光温室一周以上，利用太阳光使温室内温度升至70℃以上，高温消毒。
化学防治方面，针对番茄灰霉病的防治，首先要选用抗病良种，严把育苗关，根据具体情况和品种形态特性，合理密植，清洁田园，减少初侵染源，降低温室内湿度，变温通风，蘸花后一周之后摘除番茄幼果残留花瓣及柱头。药剂防治要把握苗期、初花期、果实膨大期。
