苗期：疫病苗期发病，茎基部水渍状腐烂，后猝倒或枯萎死亡；菌核病苗期发病，茎基部初呈水渍后变棕褐色，潮湿时皮层腐烂，生白色菌丝体，干后呈灰白色，最后全株呈立枯状死亡。
成株期：疫病茎部受害，初为暗绿色水渍状病斑，后环绕表皮扩展至褐色或黑褐色条斑，病部明显溢缩，引起软腐或茎枝折断，湿度大时病部可见白霉；菌核病成株期染病主要发生在距地面2-3厘米处茎部，病斑绕茎一周后向上下扩展，湿度大时，病部表面生有白色菌丝体，后茎部皮层霉烂，髓部解体成空腔，并可在病茎周围找到黑色鼠粪状菌核。
辣椒疫病在茎、叶及果实都可以发病，从幼苗至结果都可发生。苗期感染这种病，幼苗的茎基部呈水浸状软腐，导致上部倒伏。定植后叶片病部有暗绿色病斑产生，叶片易脱落，当湿度太大时，病部能看到白色霉层，最终会导致辣椒上端及整株枯死。辣椒菌核病症状：发病初茎基部出现水渍状暗色或暗褐色病斑，病斑迅速扩大后，病部凹陷收缩，最后枯死，发病中期，病部可见白色菌丝或轮纹状或网状霉层。
辣(甜)椒疫病主要为害叶片、果实和茎，特别是茎基部最易发生。幼苗期发病，多从茎基部开始染病，病部出现水渍状软腐，病斑暗绿色，病部以上倒伏。辣椒疫病危害茎叶果实和根茎部，湿腐，有白色霉状物。菌核病主要危害根、茎，有白色絮状霉状物，且有黑色菌核。
