散黑穗病主要危害小麦穗部,患病后的麦穗表面会形成一层灰色薄膜,成熟后破裂散出黑色粉末,最终残留裸穗轴。当小麦同时受腥黑穗病菌和散黑穗病菌侵染时,病穗上部表现为腥黑穗,下部为散黑穗。此外,散黑穗病菌偶尔也会侵害叶片和茎秆,形成条状黑色孢子堆。