培育壮苗，合理定植：培育壮苗可提高植株抗病能力，抵御病菌侵入。采用种子消毒、营养钵育苗、适当降低苗床湿度、控制氮肥用量、改善光照条件、及早炼苗等措施，可以减轻苗期病害，促进幼苗生长健壮，增强植株抗病力。筑高畦栽培，定植前7-10天畦面覆盖地膜，当棚内10厘米深土温稳定在12℃以上时，于晴天上午9时-下午3时定植，每亩栽4500-4800株。栽苗时，地膜开口大小要适中，带营养钵移栽，栽后压好孔边地膜。
合理光照，科学施肥：及时擦拭棚膜，提高其透光性；合理密植，改善田间光照条件；上午保持较高的温度，下午适当增加通风时间，夜间适当增温，防止植株结露；实施配方施肥，增施有机肥。
清理枝叶，合理浇水：辣椒灰霉病发生后，要及时清除病叶、病花和病果，将病残体装入塑料袋后带至棚外深埋或集中销毁，防止病菌分生孢子扩散传播；及时摘除长势衰弱、败谢但仍留在果实上的花冠，防止病菌侵染；合理浇水，适时通风，降低棚内湿度。
保护地(棚、室)内可选用10%速克灵烟雾剂，每次每亩用200~250g熏蒸，间隔7天左右，连续熏2~3次效果更佳。也可喷洒5%百菌清粉尘剂，每亩用1千克，间隔7天左右，交替防治3~4次。雨后及时排除积水，棚内合理通风降温；及时清除病叶、病株、病果，带出棚外集中深埋或烧毁；重施腐熟的优质有机肥，增施磷钾肥，适时喷施新高脂膜，提高植株抗病能力，适当控制浇水，有条件的可采用滴灌技术。
