辣椒黑霉病主要危害辣椒果实，一般从果实顶部或果面开始发病。初期病部颜色变浅，无光泽，果面逐渐收缩，后期病部长出茂密的黑绿色霉层。病斑呈浅褐色不规则形，大小10～26毫米，多与日灼病相关，病斑变薄下陷后逐渐长出黑霉，湿度大时黑霉扩展，有时布满整个病斑或融合形成更大病斑。高湿条件下也会危害叶片。
病毒病症状复杂，常见有以下四种类型：
1.花叶型：病叶、病果出现不规则退绿、浓绿与淡绿相间的斑驳，严重时病叶和病果畸形皱缩，叶明脉，植株生长缓慢或矮化，结小果，果难以转红或局部转红，僵化。
2.黄化型：病叶变黄，严重时上部叶片全变黄色，形成上黄下绿，植株矮化并伴有明显落叶。
3.坏死型：包括顶枯、斑驳坏死和条纹状坏死。顶枯指植株顶端幼嫩部分变褐坏死；斑驳坏死在叶片和果实上形成红褐色或深褐色不规则病斑，有时穿孔或发展成黄褐色大斑，周围有深绿色环，叶片迅速黄化脱落；条纹状坏死主要在枝条上，病斑红褐色，沿枝条上下扩展，导致落叶、落花、落果，严重时整株枯干。
4.畸形型：病叶增厚、变小或呈蕨叶状，叶面皱缩。植株节间缩短，矮化，枝叶丛生。病果呈现深绿与浅绿或黄绿相间的花斑，畸形，果面凸凹不平，易脱落。
