鸡舍消毒的要点是注意消毒药的配比，要按照说明书比例使用，不能超浓度使用防治鸡中毒，也不能比例太低，起不到消毒作用。消毒作为疫病防控中最为重要的一个环节，不仅能保证鸡群的健康，也是正常养鸡生产中不可或缺的重要内容。消毒是指以化学、物理或生物学等手段杀灭病原体，阻止外部病原微生物侵害鸡体，切断传播途径、防止传染病发生和蔓延。
1.场所、用具清洗消毒。
2.鸡的消毒。
3.使用两种以上消毒剂轮流消毒，制定消毒程序并严格执行。
4.调入物质进行消毒。
对鸡群全进全出的鸡舍可按下述程序消毒：首先彻底清除和洗刷鸡舍，将鸡舍内的粪便等清除、集中运出作无害化处理。再用高压喷水把顶棚、墙壁、门窗、地面及所有设施彻底冲洗干净。水干后立即进行消毒，应用液体消毒剂时按每平方米1升计算用量。消毒顺序是先上后下，即先喷洒顶棚，其次再墙壁和门窗，最后是地面。结束后打开门窗通风，还可用甲醛和高锰酸钾熏蒸，按鸡舍体积计算所需用量。
如有传染性疾病发生，为减少损失，必须及时严格对鸡舍和鸡群进行消毒：①及时清除分泌排泄物并进行灭菌灭虫处理。②用0.3%的过氧乙酸或0.1%的新洁而灭进行喷洒环境和鸡的体部，但注意不要直接喷洒鸡头部。如是雏鸡应加温至35～40℃，并尽快将羽毛烘干。也可用甲醛熏蒸法对鸡体消毒。
此外，还需进行以下步骤：
1.清理鸡舍。
2.清洗鸡舍。
3.检修工作。
4.治理环境。
5.室外清扫。
6.场区清扫和消毒。
7.鸡舍准备消毒。
8.鸡舍消毒。
9.安装设备。
10. 熏蒸消毒。
