霉病的流行主要因菌源量、寄主感病、生育期和气候条件的相互配合程度，决定年度间、地区间流行轻重。在长江中下游、长江以南、黄淮海平原、西北和东北春麦区，一般只要初侵染菌源量大，小麦抽穗扬花期间降雨多，雨日多，湿度大，病害就可以流行。有利于发病的环境持续时间愈长，则病害流行愈重。菌源量少与感病期气候干旱、少雨是制约病害流行的主导因素。但是，部分麦区和个别年份，也会因小麦抽穗扬花期间温度特别低，不适合发病，所以，温度也能成为制约病害流行的主导因素。
春季气温7℃以上，土壤含水量大于50%形成子囊壳，气温高于12℃形成子囊孢子。在降雨或空气潮湿的情况下，子囊孢子成熟并散落在花药上，经花丝侵染小穗发病。迟熟、颖壳较厚、不耐肥品种发病较重；田间病残体菌量大发病重；地势低洼、排水不良、粘重土壤，偏施氮肥、密度大，田间郁闭发病重。小麦赤霉病在全世界普遍发生，主要分布于潮湿和半潮湿区域，尤其气候湿润多雨的温带地区受害严重。
小麦赤霉病菌在抽穗开花时入侵危害小穗，抽穗扬花期的雨日、雨量和相对湿度是决定病害流行的重要因素。该病害主要发生在穗期，引起穗腐，穗腐在小麦扬花期后出现。
