选用适合本地种植的优质高产抗病品种，逐步取代高感芹菜叶斑病的单一品种。播种前用48℃温水浸种30分钟，捞出晒干再播种。实行轮作可有效减轻病害；浇水时避免大水漫灌，发病后控制浇水量；施入充足有机肥，适时施用化肥。棚(室)内湿度大时，适当通风排湿；白天温度控制在15-20℃，夜间控制在10-15℃，减少叶面结露。随时摘除病叶，带出田外烧毁或深埋，减少病菌，控制病害蔓延。
芹菜叶斑病的防治应从苗期抓起。移栽苗宜选用无病壮苗，定植期如遇30℃以上的高温干旱天气，可用3%恶霉甲霜水剂1000倍液做定植水，既可防治根部病害，又可促进根系早生快发，缓苗快，植株生长健壮，抗病力强，明显延缓和减轻病害的发生。
芹菜叶斑病为多孢子病害，一旦发生，传播、蔓延快，应加强预防。芹菜在定植20天左右，处于分蘖盛末期，丛间密度大，通风透气差，此期人为浇水或降雨，有利于病菌侵入，此时也是田间发病的第一个高峰期，也是重点预防的保护期，无论田间有无病都应进行喷药防治。
