小双胞腔菌属子囊菌亚门真菌。病菌假囊壳黑褐色,球形至近球形,顶部具乳突状突起,大小96~156微米;子囊束生,圆筒形至棍棒形,二层壁,大小60~85×6~12微米,内含子囊孢子8个,排成二列,子囊孢子无色,近梭形,中间具隔膜1个,隔膜处略缢缩,下细胞略小,大小9~16×4.5~8微米。叶片染病初现褐色圆形病斑,中间多为灰褐色,后期病部生出黑色小粒点。茎蔓染病病斑初为椭圆形或梭形,扩展后为不规则形,灰褐色,边缘褐色,湿度大或病情严重的常溢出胶质物,引起蔓枯,致全株枯死。果实染病初生水渍状小圆点,逐渐变为黄褐色凹陷斑,病部亦生小黑粒点,后期病瓜组织易变糟破碎。