感病品种的大量种植是导致丝黑穗病严重发生的因素之一。病原菌可能出现新的生理小种，导致原来抗病的品种丧失抗性。长期连作致使土壤含菌量迅速增加，据报道，以病株率反映菌量，土壤中含菌量每年可增长约10倍。使用未腐熟的厩肥也会加重病害，施猪粪的田块发病率为0.1%，而沟施带菌牛粪的田块发病率高达17.4%～23%，铺施牛粪的田块发病率为10.6%～11.1%。种子带菌未经消毒、病株残体未被妥善处理都会使土壤中菌量增加，导致该病的严重发生。
玉米播种至出苗期间的土壤温、湿度与发病关系极为密切。土壤温度在15～30℃范围内都利于病菌侵入，以25℃最为适宜。土壤湿度过高或过低都不利于病菌侵入，在20%的湿度条件下发病率最高。海拔越高、播种过深、种子生活力弱的情况下发病较重。玉米丝黑穗病一般在玉米播种后发芽时，越冬的厚垣孢子也开始萌发，从玉米幼芽的芽鞘、胚轴或幼根侵入，并到达生长点，其菌丝随玉米植株生育扩展，至玉米花芽分化时，进入花芽和原始穗，破坏穗部，形成大量黑粉，成为丝黑穗。
