辣椒炭疽病药剂防治主要有以下几种方法：1、80%炭疽福美可湿性粉剂600~800倍液+20%氟硅唑咪鲜胺800倍液。2、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液+20%氟硅唑咪鲜胺800倍液。3、70%甲基托布津可湿性粉剂800~1000倍液。
从无病果留种，减少初侵染菌源。若种子有带菌可疑，可用适当的中药制剂浸种1小时，冲洗干净后催芽播种。清除病残体，收后播前翻晒土壤；施足优质有机基肥；高畦深沟种植便于浇灌和排水降低畦面湿度；适当增施磷钾肥；田间发现病果随即摘除带出田外销毁。
种植抗病品种：开发利用抗病资源，培育抗病高产的新品种。一般辣味强的品种较抗病，可因地制宜选用。甜椒如长丰、茄椒1号、蒙椒3号、哈椒2号、早丰1号、吉农方椒、九椒1号，皖椒1号；辣椒如早杂2号，湘研4号、5号、6号、3号，中子粒等较抗病。
无病株留种或种子用55℃温水浸30分钟后移入冷水中冷却，晾干后播种。也可先将种子在冷水中预浸10—12小时，再用1％硫酸铜浸种5分钟，或50％多菌灵可湿性粉剂500倍，浸1小时；也可用次氯酸钠溶液浸种，在浸种前先用0.2—0.5％的碱液清洗种子，再用清水浸种8—12小时，捞出后置入配好的1％次氯酸钠溶液中浸5—10分钟，冲洗干净后催芽播种。
发病严重的地块实行与瓜、豆类蔬菜轮作2—3年。采用营养钵育苗，培育适龄壮苗。加强田间管理，避免栽植过密；采用配方施肥技术，避免在下湿地定植；雨季注意开沟排水，并预防果实日灼。
