芹菜的病虫害有斑枯病、菌核病、叶斑病、细菌性软腐病、病毒病、蚜虫等。栽种时尽量选择抗病虫害能力强的芹菜品种,大棚栽种注意通风、光照、排积水等管理工作。根据危害部位分为地下害虫(包括蛴螬、蝼蛄、小地老虎等)和地上害虫(包括夜蛾、菜螟、蚜虫、斑潜蝇等)。芹菜主要病虫害有叶枯病、早疫病、斑枯病、软腐病、病毒病、根结线虫病、缺钙心腐病、空心症、蚜虫、白粉虱、菜青虫、夜蛾等。芹菜软腐病又称“烂疙瘩”,属细菌性病害,一般在生长中后期封垄遮荫、地面潮湿的情况下易发病。病菌主要在土壤中越冬,通过昆虫、雨水或灌溉水等从伤口侵入,发病后可通过雨水或灌溉水传播蔓延,主要发生于叶柄基部或茎上。芹菜主要病虫害还包括斑斑潜蝇、斜纹夜蛾、甜菜夜蛾、薊马以及粉虱等。