化学防治主要通过化学农药对病毒进行预防和控制。播种前用10%三磷酸钠液浸泡25分钟，清洗3遍后晾干以避免种子带毒。从苗期开始，可用10%吡虫啉可湿性粉剂1000倍液喷雾，防治蚜虫与粉虱等媒介昆虫。发现病株后，需立即拔除以防止病毒扩散。初发病期可用20%病毒灵可湿性粉剂600倍液，或选用2%菌克水剂300倍液加有机络合肥喷施，每隔7~10天喷1次，连喷3~4次。
30公斤水中加5支医用病毒唑、5克1%芸苔素内酯（先用55-60℃水溶解），混匀后喷施，7-10天1次，连续2-3次，病毒病治愈率高。15公斤水中加病毒KⅡ号水剂25毫升、32%核苷溴盐酸吗啉呱2支（20毫升）、细胞分裂素15克。辣椒病毒展叶灵750倍液，加爱多收6000倍液。出苗后每10天左右喷洒1次下列药剂：0.1%～0.2%硫酸锌，或菇类蛋白多糖500倍液。
田间用药预防，喷洒1.5%烷醇·硫酸铜水乳剂1000倍液，或NS-83增抗剂100倍液，或菇类蛋白多糖200～300倍液，隔10天左右喷1次，连续防治3～4次。田间发病时，可喷用宁南霉素（菌克毒克）进行防治。虫害防治：使用75%的吡虫啉2500倍液或阿维菌素等农药防治蚜虫、蓟马、粉虱、螨类等害虫。药剂喷施：已感染辣椒病毒病的植株，可以使用氨基寡糖素、吗啉胍·乙铜等药剂进行喷施，以提高植株的抗病毒能力。辣椒病毒病可用病毒灵、植病灵、病毒A等农药进行喷雾用药，用药时间需每隔7至10天，并且要连喷2至3次。
