天麻病虫害包括真菌病害、蜜环菌病、腐烂病和蝼蛄、蛴螬、介壳虫、蚜虫等。真菌病害、腐烂病可用0.1‰高锰酸钾液消毒，蜜环菌病应及时排除田中积水预防，蝼蛄、蛴螬用3%辛硫磷颗粒剂撒入田中防治，介壳虫、蚜虫用呲虫啉或氰戊氧乐果等农药防治。种植天麻一般要防治的虫害主要有蛴螬、跳虫、蝼蛄、介壳虫、白蚁等。介壳虫主要是粉蚧危害天麻块茎，一般由菌材、新材等树木带入穴内，危害后天麻长势减弱，品质降低。如发生危害，应将此穴天麻及时翻挖，全部加工成商品麻出售，严禁留种，并将此穴菌材焚烧，以防蔓延。
天麻常见的病害主要是块茎腐烂病；虫害有蛴螬、蝼蛄、介壳虫等。块茎腐烂病主要有块茎黑腐病、块茎锈腐病。块茎黑腐病发病早期出现黑斑，后期腐烂，有时半个天麻变成黑色，味极苦。块茎锈腐病染病后天麻横切面中柱出现小黑斑，一般连作和多代繁殖种质退化的天麻染病严重。防治方法如下：
1.农业防治：选取排水良好的地方；严格挑选菌种；加大蜜环菌接种量，抑制杂菌生长；菌材要新鲜，若感染杂菌可弃之不用；加强田间的水分管理，做到防旱、防涝又保墒。
2.药剂防治：在制备菌材前可将木棒、树枝、树叶用0.1%〜0.2%的多菌灵浸泡，可杀死一部分杂菌。
蛴螬防治方法如下：
1.农业防治：在栽培场周围种蓖麻，驱避成虫。
2.药剂防治：发生后用90%敌百虫晶体800倍液浇灌。
蝼蛄防治方法：采用毒饵诱杀，用90%敌百虫0.15kg兑水成30倍液，加5kg半熟麦麸或豆饼，拌成毒饵，撒施诱杀。
介壳虫防治方法：收获天麻以后，对栽培坑进行焚烧，收获的天麻不能作为种麻继续使用。