南瓜缺镁易发生在生长中后期，常被误认为是自然衰老现象。但两者是有区别的，自然衰老的叶片黄化均匀，叶脉叶肉同步褪绿，常呈枯萎状，缺少新鲜感。而缺镁叶片保持鲜活时期较长，叶脉不褪绿。在有条件的地方，可以分析土壤有效镁的含量，一般以有效镁（MgO）含量小于100毫克/升为诊断指标，植株叶片全镁的测定诊断指标多数蔬菜为0.2％-0.3%，低于这个含量为缺镁。
南瓜茎、叶、果均可染病。茎蔓部染病，病部凹陷，呈水浸状，变细、变软，致病部以上枯死，病部产生白色霉层。叶片染病初生圆形暗色水渍状斑，软腐、下垂，干燥时呈灰褐色，易脆裂。果实染病初生大小1厘米左右凹陷水渍状暗色至暗绿色斑，后迅速扩展，并在病部生出白色霉状物，菌丝层排列紧密，难于切取，经2～3天或几天后果实软腐，在成熟果实表面上有的产生蜡质物，生产上果实底部虫伤处最易染病，影响商品价值。
