硼对植物根系生长有促进作用，对光合作用的产物即碳水化合物的合成与转运有重要作用，对受精过程的正常进行有特殊作用。硼的生理作用主要有：参与作物体内糖的运输与代谢；影响作物体内细胞伸长和分裂；影响作物生殖器官的生长发育。高度敏感的作物主要有油菜、甜菜、萝卜、结球甘蓝、芹菜、花椰菜、豆类，绿肥等。硼能促进细胞伸长和组织分化，加快酶代谢和木质素形成，促进碳水化合物运输和蛋白质代谢，增强作物抗逆性，促进作物早熟改质，促进花粉萌发和花粉管生长。硼在植物体内能调节有机酸的形成和运转。
硼与花粉形成、花粉管萌发和受精有密切关系，能参与糖的运转与代谢，提高尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶的活性，促进蔗糖的合成。尿苷二磷酸葡萄糖(UDPG)不仅可参与蔗糖的生物合成，而且在合成果胶等多种糖类物质中也起重要作用。硼还能促进植物根系发育，特别对豆科植物根瘤的形成影响较大，因为硼能影响碳水化合物的运输，从而影响根对根瘤菌碳水化合物的供应。硼对蛋白质合成也有一定影响。
缺硼时，受精不良，子粒减少。小麦出现的“花而不实”和棉花上出现的“蕾而不花”等现象也都是因为缺硼的缘故。缺硼时根尖、茎尖的生长点停止生长，侧根侧芽大量发生，其后侧根侧芽的生长点又死亡，而形成簇生状。甜菜的干腐病、花椰菜的褐腐病、马铃薯的卷叶病和苹果的缩果病等都是缺硼所致。