樱桃水萝卜的病虫害包括霜霉病、黑根病、黑腐病、黑斑病、根肿病、褐腐病、根腐病、炭疽病、软腐病、病毒病、糠心病、菌核病、白粉病、灰霉病、细菌性软腐病等。虫害主要有蚜虫、菜青虫、菜螟、白粉虱、小菜蛾、黄曲条跳甲、潜叶蝇、蓟马、红蜘蛛、蛴螬、小地老虎、斑潜蝇、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾、菜蝽、麻皮蝽、猿叶甲、短额负蝗、蝼蛄、金针虫、野蛞蝓、蜗牛、菜粉蝶、甘蓝夜蛾等。
霜霉病主要危害叶片，导致叶片变黄，叶背或两侧发霉，甚至叶片干燥。在潮湿环境中，过度种植密度和通风不良是引起该病的主要原因。软腐病主要危害根和茎，也危害叶片，常导致肉质根中心的软腐。病毒性疾病主要发生在苗期，幼苗染病后，心叶呈亮脉，然后沿叶脉呈绿色，形成斑驳的花叶，病叶起皱，心叶扭曲，病情严重时植物枯萎死亡。黑斑病主要危害幼苗，当樱桃萝卜叶出现类似圆形绿点时，说明黑斑的变化，潮湿环境中也会出现黑霉斑，影响叶片光合作用。
