引起大豆菌核病的病原是子囊菌亚门核盘属真菌核盘菌,其圆柱状或鼠粪状菌核内部呈白色,外部黑色,切面呈薄壁组织状。每个菌核可萌发1~7个子囊盘,成熟的子囊盘淡黄色盘状,上生栅状排列的棒状子囊,内含8个椭圆形的无色单胞子囊孢子。无色丝状的侧丝夹生在子囊间。核盘菌的菌核在土壤中或混在种子上越冬之后,在20℃左右的最适温度下最易萌发产生子囊盘,其中的子囊孢子即为初侵染源,孢子通过气流传播进入伤口或角质层侵入寄主,从而引起菌核病的发生。该病在阴雨连绵的年份、地势低洼和重茬地发生重。施氮肥过多、大豆生长繁茂、茎秆软弱、倒伏地段及过度密植田发病率高。扬花期长的品种更容易感病。宽垄种植、增加株间通风可以减轻病害。