辣椒的病害主要有猝倒病、疫病、炭疽病、病毒病、灰霉病、疮痂病、青枯病、根腐病、霜霉病、白粉病等；辣椒的生理性病害主要有日烧病、脐腐病及生理性三落病等；辣椒的主要虫害有烟青虫、白粉虱、茶黄螨、茄无网蚜、蚜虫、红蚂蚁、青虰子等。