主要危害苗期,茎基部出现水渍状病斑,短时间内变为黄褐色,病部组织腐烂,干枯凹陷,缢缩呈线状,后植株倒伏地面。初期仅个别苗发病,形成中心病株,然后病菌由雨水、农事活动传染。遇高湿天气,病残体表面及附近土壤长出白色棉絮状霉。幼苗子叶期或真叶尚未展开之前常受到侵染,幼苗出土后,在茎基部近地面出现水渍状病斑,逐渐变黄、缢缩、凹陷,叶子未凋萎即猝倒,用手轻提极易从病斑处脱落;潮湿时病部可见白色棉毛状霉层。在辣椒发病初期,只有少数辣椒幼苗发病,之后逐渐向外扩展蔓延,严重时引起幼苗大量倒伏死亡。病菌借助雨水进行传播,施用带菌肥料、移栽时经过人工进行病菌的传播。