在较低的温度下,谷子萌发与出苗缓慢,拉长了病原菌侵染的时间,发病较重。土壤含水量在30%—50%适于病菌侵染,土壤干旱或水分饱和都不利于病原菌侵染。种子带菌率高,土壤温度低,墒情差,覆土厚,幼芽滞留土壤中的时间延长,则发病加重。谷子品种间抗病性有明显差异。黑穗病主要由种子传播,病菌以厚垣孢子在种子上越冬。在谷子播种后与种子同时萌发侵入幼苗,并随植株生长蔓延全株,最后侵入穗部产生孢子,形成黑穗。厚垣孢子生活力很强,在室内能存活10年以上,在土壤中能存活20个月。田间持水量大,温度低时发病重。种子萌发时,病菌的双核菌丝主要从幼苗的胚芽鞘侵入,并扩展到生长点,随寄主发育不断扩展,最后侵入穗部,破坏子房,致病穗上籽粒变成黑粉。