农业防治：因地制宜种植抗病品种，这是防治小麦锈病的基本措施。小麦收获后及时翻耕灭茬，消灭自生麦苗，减少越夏菌源。搞好大区抗病品种合理布局，切断菌源传播路线。
药剂防治：对秋苗常年发病较重的地块，用15%粉锈宁可湿性粉剂60～100克或12.5%速保利可湿性粉剂每50公斤种子用60克拌种。务必干拌，充分搅拌均匀，严格控制药量，浓度稍大影响出苗。大田防治，在秋季和早春，田间发现病中心，及时进行喷药控制。如果病叶率达到5%，严重度在10%以下，每亩用15%粉锈宁可湿性粉剂50克或20%粉锈宁乳油每亩40毫升，或25%粉锈宁可湿性粉剂每亩30克，或12.5%速保利可湿性粉剂每亩用药15～30克，对水50～70公斤喷雾，或对水10～15公斤进行低容量喷雾。在病害流行年如果病叶率在25%以上，严重度超过10%，就要加大用药量，视病情严重程度，用以上药量的2-4倍浓度喷雾。
