这种病主要发生在水稻的穗部，使稻壳外观改变，影响产量与质量，对水稻生产和市场价格影响很大。穗腐病可发生在田间、运输和贮藏过程中，运输和贮藏时还会产生毒素危害人畜健康。穗腐病主要发生在抽穗后期，可引起苗枯、茎腐、基腐；小穗受害后出现褐色水渍状病斑，逐渐蔓延至全穗使病穗枯黄、子粒干瘪、霉烂。病穗与苞叶间充满白色菌丝体，子粒间有时也产生灰白色菌丝体，贮藏中还能继续发展使整穗干腐。患病稻谷的谷壳上有紫色或褐色大小不一的点，米粒上面没有褐色线。穗腐病与穗枯病有时难以区别，判别穗腐病需剥开谷壳观察米粒。
水稻穗腐病的防治方法：(1)种子消毒方法同稻瘟病。(2)处理田间瘪谷，最好烧作灰肥以减少病菌来源。(3)加强肥水管理，避免偏施、过施、迟施氮肥，增施磷钾肥；适时适度露晒田，使植株转色正常，稳健生长，延长根系活力，防止倒伏。(4)结合防穗颈瘟，抓好抽穗期前后喷药预防。在历年发病的地区或田块，在始穗和齐穗期各喷药一次，必要时在灌浆乳熟前加喷一次。根据天气预报，掌握抽穗前风雨到来前或后喷药1次，可减轻发病。
