发病之初，病株心叶沿叶脉呈现断续的黄绿色或黄白色短条斑，随后病斑增大合并，病叶一半或大半变成黄白色，边缘部分仍呈现褪绿短条斑。病株矮化不明显，但分蘖减少。高秆品种发病后心叶细长、柔软并卷曲成纸捻状，弯曲下垂形成“假枯心”；矮秆品种发病后心叶展开较正常。发病早的植株枯死，发病迟的在健叶或叶鞘上有褪色斑，抽穗不良或畸形不实，形成“假白穗”。
条纹叶枯病的发生与灰飞虱发生量、带毒虫率直接相关。品种间发病差异明显，粳稻发病重于杂交籼稻。水稻在苗期到分蘖期易发病，叶龄长潜育期也较长，随植株生长抗性逐渐增强。春季气温偏高、降雨少、虫口多，发病重。水稻幼苗期易发病，发病程度按分蘖期、拔节期、孕穗期依次降低。稻、麦两熟区发病重，大麦、双季稻区病害轻。
