大豆播种时与种子同时施用的肥料称为种肥。由于幼苗期根瘤固氮作用尚未进行，施用适量化肥可促进豆苗生长和根瘤发育，为中后期生长奠定基础。一般每公顷施用磷酸二铵75～150千克、尿素37.5～75.0千克、氯化钾45～75千克，或等养分含量的复合肥。施肥量需根据土壤养分状况调整，避免种肥同位，防止烧种、烧苗现象。应采用深施或分层深施，侧深施距离种子6～8厘米。分层施肥时，施肥量大时，第一层施在种下4～5厘米处，占种肥施用量30%～40%；第二层施于种下8～15厘米处，占种肥施用量的60%～70%。施肥量少时，第二层施在8～10厘米处即可。
针对当前大豆施肥中存在的问题，建议采取以下科学施肥方法：重施有机肥，接种大豆根瘤菌；对缺乏中微量元素的土壤有针对性地施用中微量元素肥料；100%的有机肥和磷肥以及50%的氮、钾肥在移栽前结合整地作基肥施用，施后将肥料耙入土中，使其土肥融合；30%的氮肥和钾肥作苗肥追施；20%的氮肥和钾肥作花前肥追施，追肥时先在两行大豆之间挖深度为15～20厘米的施肥沟，然后施肥覆土。具体操作如下：有机肥料施用量每亩2000公斤左右。氮磷钾施用量根据产量水平调整：每亩产量水平在150公斤以下的，亩施氮肥8公斤、磷肥4公斤、钾肥5公斤；每亩产量水平在150～200公斤的，亩施氮肥7公斤、磷肥3.5公斤、钾肥4.5公斤；每亩产量水平在200公斤以上的，亩施氮肥6公斤、磷肥3公斤、钾肥4公斤。播种前用大豆根瘤菌剂拌种。每亩施用钙肥50～100公斤。对缺硼、钼的土壤分别在苗期和始花期用0.1%的硼砂和钼酸铵叶面喷施。
