低温、高湿或多雨的早春或晚秋有利于黄瓜菌核病的发生和流行。连年种植葫芦科、茄科及十字花科蔬菜的田块，排水不良的低洼地，或偏施氮肥，或霜害、冻害条件下发病较重。苗期至成株期均可发病，以距地面5-30厘米处发病最多。瓜被害时，脐部形成水浸状病斑，软腐，表面长满棉絮状菌丝体。茎部被害，初为退色水浸状病斑，逐渐扩大呈淡褐色，病茎软腐，长出白色棉絮状菌丝体，茎表皮和髓腔内形成坚硬菌核，植株枯萎。幼苗发病时，近地面幼茎基部出现水浸状病斑，很快绕茎一周，导致幼苗猝倒。一定湿度和温度下，病部先生成白色菌核，老熟后为黑色鼠粪状颗粒。
菌核病是大棚黄瓜的主要病害，茎秆、果实均可受害。果实染病后初为水浸状腐烂，表面长出白霉，以后形成黑色鼠粪状菌核。该病的发生与灰霉病类似，从老的花瓣、水分易积存的部位发生，花瓣落下附着的部分最易发病，与灰霉病的区别在于有白色棉絮状霉和菌核。地面用不能透过紫外光的黑色薄膜或老化地膜覆盖栽培，可阻止病菌孢子萌发。
早春多雨天气保护地内提倡每亩用45%乙熏灵250克或50%百菌清粉尘剂1000克防治，每周一次，连续2~3次。还可选用50%速克灵可湿性粉剂1000~1200倍液、50%农利灵可湿性粉剂1000倍液、40%施佳乐悬浮剂800倍液、65%腐霉灵可湿性粉剂600~800倍液、40%嘧霉胺可湿性粉剂600倍液、40%菌核净可湿性粉剂500倍液、50%苯菌灵粉剂1500倍液、50%扑海因可湿性粉600~800倍液喷雾防治，7~10天一次，连续3~4次。防治药剂还包括腐霉利、异菌脲、啶酰菌胺、嘧菌环胺、啶菌恶唑、嘧菌环胺咯菌腈、唑醚.氟酰胺等，应交替使用以避免抗性。
黄瓜菌核病一般在低温、阴雨天、雾水大、湿度持续时间长、光照不足的条件下容易发生，因此控温、控湿、大棚适当通风降湿能有效降低和减轻病害的发生。茎蔓受害时，初呈淡褐色水渍状病斑，茎蔓软腐，长出白色菌丝，病茎纵裂干枯，病部以上蔓叶枯死。瓜条被害时，瓜条发病呈水渍状腐烂，长出白色菌状，以后形成黑色菌核。
