辣椒是喜氮、喜钾作物，栽培时最好采用农家肥、有机肥加复合肥作底肥，底肥约占用肥量的60％，追肥宜薄施勤施。种植辣椒通常使用氮肥、磷肥、钾肥。辣椒不同生长阶段所需肥料不同，如生长旺盛时期应补给大量含氮元素的肥料。优质农家肥搭配高磷复合肥底施，苗期使用腐殖酸水溶肥料随水冲施，生长期结合浇水使用平衡性水溶肥料随水冲施，膨果期使用高钾型水溶肥料随水冲施。
苗期追肥时，早熟品种的辣椒可促进秧苗生长发育，提高秧苗素质。苗期追肥视土壤肥力而定，若苗床肥力不足应及时追肥，否则会影响辣椒花芽分化。当幼苗展开1-2片真叶后，可适当施入腐熟人粪尿或0.1%的尿素溶液，并配合施用少量磷钾肥。追肥后建议喷水一次，以清洗叶片上的粪肥液，避免伤叶。
种植辣椒的田要求重施基肥，以有机肥为主，如堆肥、厩肥、猪粪、饼肥和草木灰等。有机肥养分全面，缓慢释放，肥效较长，对辣椒根系“柔和”，不易烧苗。辣椒生长前期，天气温度较低，每周浇一次水时可随水冲入少量稀粪水，注意不要与草木灰一起使用，以免降低肥效。
果实迅速膨大时，再进行一次水肥，加大肥料用量以增强植株抵抗高温的能力。一般亩施尿素20公斤，硫酸钾10公斤即可。中秋节后天气逐渐转凉，可再冲施稀粪水。追施化肥时，以穴施为主，将肥料埋入土下根际处5-10厘米处为佳。
