番茄猝倒病主要危害未出土或刚出土不久的幼苗，危害部位为幼苗的茎基部。幼苗染病后，茎基部出现水渍状病斑，随着病情发展，病部绕茎一周形成缢缩，子叶未凋萎时，幼苗即突然折倒贴伏地面，但植株仍保持青绿色。病部初呈水渍状，后缢缩，引起幼苗猝倒或枯死。有时种子刚发芽或未出土幼苗即染病，腐烂在土内，造成缺苗，严重时成片死亡。湿度大时，病苗上或病苗附近的土面会长出白色絮状霉层，即腐霉菌菌丝体。
从播种到定植均可患病，种子发芽出土时染病，造成胚茎和子叶腐烂。苗期发病，幼苗茎基部呈水渍状病斑，病部渐变为黄褐色，表皮脱落，缢缩成线状，迅速蔓延扩展绕茎一周，在子叶尚未凋谢之前幼苗即猝倒，造成成片死亡。高温高湿时，寄主病残体表面及附近床面上长出一层白色棉絮状菌丝。
瓜果腐霉和终极腐霉引发的番茄猝倒病主要发生在育苗盘中或土耕或反季节栽培幼苗的茎基部。病部初呈水渍状，后缢缩，引起幼苗猝倒或枯死，有时种子刚发芽或未出土幼苗即染病，腐烂在土内，造成缺苗，严重时成片死亡，湿度大时病苗上或病苗附近的土面会长出白色絮状霉层，即腐霉菌菌丝体。
