生物有机肥含有大量的有益微生物，其活动能够改善土壤理化性状，抑制有害微生物的生长，促进作物生长。生物有机肥完全腐熟，无臭，施用方便、均匀。它由特定功效微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为原料，经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成，兼具微生物肥和有机肥效应。生物有机肥发酵时间短，腐熟彻底，养分损失少，肥效相对较快。通过有益微生物的作用，基本消除了畜禽粪便中原有的对作物生长有害的病虫，且施入土壤后不会造成作物烧根、烧苗。
农家肥是指农民将畜禽粪便、厩肥或农作物秸秆等混合堆积而成的有机肥料。农家肥微生物含量较少，有益微生物和有害微生物共生，露天长时间堆积导致养分（特别是氮素）损失较多。农家肥腐熟不彻底，用量稍大时容易发生烧根、烧苗，导致减产。此外，农家肥有恶臭，施用不方便且肥料分布不均匀。