在整地时会实行除草工作，但杂草除之不尽，随着娃娃菜的生长，田间又会生长出大量杂草。这些杂草与娃娃菜争水争肥，为病虫害提供栖身环境，导致田间通风透气性差，易发生病虫害。因此要勤除草，建议手动拔草。若种植面积过大，使用农药时需注意浓度和操作方法，避免娃娃菜产生药害。
娃娃菜属于十字花科蔬菜。播前土壤处理可选择氟乐灵（喷药后需隔7天左右播种）、甲草胺、异丙甲草胺等。播种后可用敌草胺、都尔等进行土壤封闭处理。苗后可使用精喹禾灵、吡氟禾草灵等除草剂，但移栽后需在缓苗后再打除草剂，否则易出现药害至死苗现象。使用除草剂时需严格按照使用方法及注意事项操作，可加入奈安除草安全添加剂以避免药害。
