最好不要用农药，可实行3年轮作，从无病株上选留种子或播前用10%盐水选种，除去菌核后再用清水冲洗干净，晾干播种。适度密植，及时拔除杂草。香菜菌核病是由子囊菌亚门核盘菌属的核盘菌侵染所致。侵染循环病菌以菌核在土壤中或混在种子中越冬，成为第二年初侵染源。翌年条件适宜时，菌核即萌发，产生子囊盘，弹射出子囊孢子，借气流传播，侵入寄主发病后，则通过菌丝在田间进行再侵染。田间还可通过染有菌核病的杂草(如马齿苋)传播到香菜上，反复侵染，后来条件恶化时，病菌又形成菌核进行越冬。发病初期开始喷洒5%速克灵或50%扑海因或50%农利灵可湿性粉剂1000～1500倍液、或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液及50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、60%防霉宝超微粉600倍液、20%甲基立枯磷乳油1000倍液，667m2喷对好的药液60升，隔8～9天1次，连续防治3～4次。保护地种植的，可用15％腐霉利烟剂进行烟熏，每666.7平方米每次250克，傍晚进行，点燃冒烟后密闭烟熏，隔7天熏1次，连熏4～5次。