大蒜的病虫害有叶枯病、细菌性软腐病、大蒜菌核病、疫霉根腐病、疫病等。虫害包括葱地种蝇(蒜蛆)、韭菜迟眼蕈蚊(韭蛆)、刺足根螨、蓟马、斑潜蝇等。大蒜根腐病是细菌性病害，适宜于高温高湿条件下发生，多在大蒜3叶期见病，到年后的3月为发病高峰。发病多由根尖开始，逐步向根的基部扩展，最后连同蒜母一起烂掉，有腥臭味，会引起寄生虫发生。地上部植株表现矮小，叶片发黄，生长发育不良，影响蒜头的产量和品质。
防治方法：1.适期播种，不早播。施腐熟有机肥，少施氮肥，多磷钾。加强田间管理，提高植株抗病能力。2.药物防治：发病初期用1亿活芽孢／克枯草芽孢杆菌微襄粒剂500倍液灌根。也可每亩用39％精甲-嘧菌酯悬浮剂50毫升，加水50公斤喷淋茎基部。3.霜霉病：用多菌灵进行喷洒，加强通风，控制水量。4.白粉病：使用诺颗粒丰药剂，每隔7天施加一次。5.斑潜蝇：用黄板诱杀成虫，或者喷洒斑潜净药剂。
