玉米青枯病一般从灌浆期开始发生，乳熟至蜡熟期为显症盛期。病菌自根系侵入，在植株体内蔓延扩展。茎秆腐烂自茎基第一节开始向上扩展，可达第二、三节，甚至第四节，纵向扩展成褐色不规则病斑，茎基部三、四节间明显失水，变软变空，乃至干缩，后期植株易倒伏。根部空心变软，呈褐色或紫色，须根减少，易拔起。果穗下垂，穗柄柔韧，不易掰离，穗心干缩，脱粒困难，千粒重显著下降。条件适宜时，病情发展迅速，地上部得不到水分，导致整株突然干死，叶片呈灰绿色，特别是雨后猛晴时，萎蔫和青枯更为明显。
发病初期，植株的叶片突起，出现青灰色干枯，似霜害；根系和茎基部呈现出水渍状腐烂。进一步发展为叶片逐渐变黄，根和茎基部逐渐变褐色，髓部维管束变色，茎基部中空并软化，致使整株倒伏。发病轻的也使果穗下垂，粒重下降。首先是根系发病，局部产生淡褐色水渍状病斑，逐渐扩展到整个根系，呈褐色腐烂状，最后根变空心，根毛稀少，植株易拔起；病株叶片自上而下呈水渍状，很快变成青灰色枯死，然后逐渐变黄。
先从根部受害，最初病菌在毛根上产生水渍状淡褐色病变，逐渐扩大至次生根，直到整个根系呈褐色腐烂，最后粗细根变成空心。根的皮层易剥离，松脱，须根和根毛减少，整个根部易拔出。逐渐向茎基部扩展蔓延，茎基部1～2节处开始出现水渍状梭形或长椭圆形病斑，随后很快变软下陷，内部空松，一掐即瘪，手感明显。节间变淡褐色，果穗苞叶青干，穗柄柔韧，果穗下垂，不易掰离，穗轴柔软，子粒干瘪，脱粒困难。
主要危害玉米根部及茎基部，病原菌自根系侵入，在植株体内蔓延扩展。病苗根部或茎基部的木质部变褐，严重的初生根、次生根坏死、腐烂，造成根部和茎基部腐烂，引起倒伏或整株枯死；地上部表现为中下部叶片边缘变黄、变褐，严重的整株叶片枯黄。开始在茎基节间产生纵向扩展的不规则状褐色病斑，随后缢缩，变软或变硬，后期茎内部空松。剖茎检视，组织腐烂，维管束呈丝状游离，可见白色或粉红色菌丝。
