生产上常用的种子消毒方法主要是药剂拌种或者药剂浸种，针对不同的病害消毒的药剂也不同，常用的消毒药剂有生石灰、多菌灵、强氯精。生产上一般将浸种和消毒结合进行，主要方法有：
(1)温汤浸种：先将种谷在冷水中浸24小时，然后在40~45°C的温水中浸5分钟，再移入54°C的温水中浸10分钟，以后将水温保持在15°C左右浸至吸水达饱和。温汤浸种可以杀死稻瘟病、恶苗病、干尖线虫病等病菌。
(2)石灰水浸种：其杀菌的原理是石灰水与二氧化碳接触而在水中形成碳酸钙结晶薄膜，隔绝了空气，从而使种子上吸水萌发的病菌得不到空气而闷死。方法是50千克水加入0.5千克生石灰。先将石灰化开过滤，然后把种子放入石灰水内，水面应高出种子17~20厘米。在浸种过程中，注意不要搅动，以免弄破石灰水表面薄膜，导致空气进入而影响杀菌效果。浸种时间因气温不同而有异。
(3)主要药剂浸种：强氯精浸种。